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1994   南京大学生物系   学士
1997   北京大学细胞遗传系 硕士
2005   约翰霍普金斯医学院生物物理系 博士
2011   斯坦福大学发育生物学系 博士后
2012   清华大学 生命科学学院 研究员
2018   首都师范大学 生命科学学院 特聘教授

主要研究领域与方向

    实验室从功能基因组学和系统生物学角度，主要以线虫神经系统为模型，探索细胞命运决定和多样化的分子机制。目前重点在线虫建立单细胞精度的基因表达图谱，发现基因调控网络的未知属性，并揭示它们在神经细胞命运决定中的作用，认识神经系统多样性的分子发育基础。为实现这一目标，我们开发和利用多种高通量实验方法，包括单细胞精度转录组技术和单细胞精度线虫影像分析系统。同时，我们开发基因组学技术，高效组装非模式动物的基因组。通过开发非模式动物的基因组和遗传资源，开展细胞发育生物学研究。

代表性论文

1. Ren, X., Li, R., Wei, X., Bi, Y., Ho, W., Ding, Q., Zhang, Z., Young, A., Tsieh, C., Zeng, J., Liu, X.* and Zhao Z.* (2018) Genomic basis of recombination suppression in the hybrid between Caenorhabditis briggsae and gonochoristic C. nigoni. Nucleic Acids Research 46, 1295. *: corresponding author

2. Li, Y., Zhao, D., Horie, T., Chen, G., Bao, H., Chen, S., Liu, W., Horie, R., Liang, T., Dong, B., Feng, Q., Tao, Q. and Liu, X.*. (2017) A Conserved Gene Regulatory Module Specifies Lateral Neural Borders Across Bilaterians. PNAS 114, E6352

3. Liu, W., Yu, E., Chen, S., Ma, X., Lu, Y. and Liu, X.*. (2017) Spatiotemporal profiling of long intervening noncoding RNAs in Caenorhabditis elegans. Scientific Reports 7, 5195

4. Wei, X., Xu, Z., Wang, G., Hou, J., Ma, X., Liu, H., Liu, J., Chen, B., Luo, M., Xie, B., Li, R., Ruan, J. and Liu, X.*. (2017) pBACode: a random-barcode-based high-throughput approach for BAC paired-end sequencing and physical clone mapping. Nucleic Acids Rsearch 45, e52

5. Ma, X., Zhan, G., Sleumer, M.C., Chen, S., Liu, W., Zhang, M.Q. and Liu, X.*. (2016) Analysis of C. elegans muscle tranome using trans-splicing-based RNA tagging (SRT). Nucleic Acids Rsearch 44, e156

6. Liu, X., Long, F., Peng, H., Aerni, S.J., Jiang, M., Sánchez-Blanco A., Murray. J.I., Preston, E., Mericle, B., Batzoglou, S., Myers, G., and Kim, S.K. (2009). Analysis of cell fate from single-cell gene profiles in C. elegans. Cell 139: 623 - 633

7. Liu, X., C.K. Lee, N.D. Clarke, and J.D. Lieb (2006) Quantification of chromatin contributions to DNA-binding site utilization. Genome Res. 16: 1517 – 1528

8. Liu, X., Noll, D.M., Lieb, J.D., and Clarke, N.D. (2005) DIP-chip: Rapid and accurate determination of DNA-binding specificity. Genome Res. 15: 421 – 427

9. Liu, X. and Clarke, N. D. (2002) Rationalization of gene regulation by a eukaryotic tranion factor: calculation of regulatory region occupancy from predicted binding affinities. J. Mol. Biol. 323:1-8.

 

学术报告

础）组织学术会议

    第19界线虫大会神经科学会场，洛杉矶，美国，2013年6月，共同主持

叠）受邀讲座

    “A Conserved Regulatory Network Underlying the Development of Lateral Neural Borders in bilateria”第1界亚洲进化大会，2018年4月18日

 “A Conserved Regulatory Network for A Lateral Neural Plate Border Lineage from Worm to Vertebrate”亚利桑那大学神经科学系，2017年2月15日

颁）会议选用报告

    “A Conserved Regulatory Network for A Lateral Neural Plate Border Lineage From Worm To Vertebrate”&苍产蝉辫;第21界线虫大会生态和进化会场，洛杉矶，美国，2017年6月

 

荣誉和奖项

2018&苍产蝉辫;&苍产蝉辫;北京市高层次人才资助计划

2007  Larry L. Hillblom Foundation Posdoctoral Fellowship

2005  Phi Beta Kappa