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主要研究方向

尼苟隐杆线虫（Caenorhabditis nigoni）和布瑞隐杆线虫（Caenorhabditis briggsae）是近缘物种，它们的基因组已经被详细测序，并且拥有丰富的遗传工具资源。近年来，通过对这两种线虫的杂交实验，研究人员发现了许多与杂交不兼容（hybrid incompatibility）相关的遗传机制。这对物种提供了一个强有力的实验平台，有助于深入研究杂交不兼容和自私遗传机制，从而探讨物种形成的分子基础。以这两个物种为实验模型，研究主要聚焦于以下方面（包括但不限于）：

1. 研究性别决定和剂量补偿通路在种间杂交雄性致死中的分子机制

霍尔丹法则（Haldane's rule）是物种形成研究中的一个重要理论，指出当两个物种杂交后代中某一性别出现缺失、稀有或不育时，这通常发生在异配性别。以哺乳动物为例，雄性（XY）较雌性（XX）更容易在杂交后表现出不育或致死现象。这一现象可能与性别决定和剂量补偿通路的破坏有关。

在线虫的齿翱性别决定系统中，雄性为异配性别，性别决定的关键基因xol-1调控雄性发育，并与剂量补偿密切相关。在杂交过程中，这些机制可能被破坏，导致雄性后代的不育或致死。利用尼苟隐杆线虫和布瑞隐杆线虫作为模型，可以深入研究性别决定和剂量补偿通路在杂交致死中的作用机制。

2. 利用线虫模型探索自私遗传元件及其违反孟德尔遗传定律的机制

在生物学中，孟德尔的遗传定律是基础之一，其中最著名的是孟德尔分离定律。该定律指出，在减数分裂过程中，一个基因的两种等位基因具有相等的机会被传递给配子，通常会在后代中表现出典型的3:1表型比例。然而，自私遗传元件（selfish genetic elements）却能够通过多种机制违反这一规则，从而增加其在种群中的传递率。例如，减数驱动（meiotic drive）是一种自私遗传机制，它使得某些基因在配子形成过程中更频繁地被传递。此外，转座子（迟谤补苍蝉辫辞蝉辞苍蝉）等移动性遗传元件可以在基因组中复制和插入新的位置，从而增加自身在基因组中的比例。另一个例子是精子杀手（蝉辫别谤尘-办颈濒濒别谤），通过选择性地杀死竞争的精子，间接提高了特定基因在种群中的传递频率。

这些自私遗传机制不仅影响遗传学和进化过程，还对生物的生育能力和种群结构产生重要影响。利用尼苟隐杆线虫和布瑞隐杆线虫的模型系统，研究旨在开发出新的工具和资源，以鉴定这些自私遗传元件，揭示它们如何在生物体中违反孟德尔定律，并在进化过程中影响物种的基因流动和生育能力。

背景与工作经历

(1) 2021-09 至 今, 91糖心vlog传媒, 讲师

(2) 2014-09 至 2021-06, 清华大学, 生物学, 博士

(3) 2012-07 至 2014-08, 清华大学, 生物学, 实验助理

(4) 2008-09 至 2012-06, 东北林业大学, 生物技术, 学士

科研项目

(1) 国家自然科学基金委员会, 青年科学基金项目, 32400501， 以线虫为模型揭示性别决定种间不相容性的分子机制, 2025-01 至 2027-12, 30万元， 在研， 主持

(2) 北京市教委, 科技一般项目, KM202310028008 , 小杆线虫属两个近缘物种的转座子比较与IR3家族转座子功能分析, 2023-01 至 2025-12, 15万元, 在研, 主持  

(3) 国家自然科学基金委员会, 面上项目, 32070639, 全景式地揭示线虫维持信号分子背腹浓度梯度的基因调控网络, 2021-01-01 至 2024-12-31, 58万元, 在研, 参与  

(4) 国家自然科学基金委员会, 面上项目, 31871472, 以线虫为模型研究神经冠细胞命运的基因调控网络及其进化机制, 2019-01-01 至 2022-12-31, 60万元, 结题, 参与  

(5) 国家自然科学基金委员会, 国际(地区)合作与交流项目, 31861163005, 染色质结构在种间杂交体的等位基因差异表达和雄性不育中的作用, 2019-01-01 至 2022-12-31, 100万元, 结题, 参与

研究论文

Li, Yongbin, Siyu Chen, Weihong Liu, Di Zhao, Yimeng Gao, Shipeng Hu, Hanyu Liu, Yuanyuan Li, Lei Qu, and Xiao Liu*. 2024. “A Full-Body Transcription Factor Expression Atlas with Completely Resolved Cell Identities in C. elegans.” Nature Communications 15(1). doi: 10.1038/s41467-023-42677-6.

Xu, Weina, Jinyi Liu, Huan Qi, Ruolin Si, Zhiguang Zhao, Zhiju Tao, Yuchuan Bai, Shipeng Hu, Xiaohan Sun, Yulin Cong, Haoye Zhang, Duchangjiang Fan, Long Xiao, Yangyang Wang, Yongbin Li*, and Zhuo Du*. 2024. “A Lineage-Resolved Cartography of microRNA Promoter Activity in C. elegans Empowers Multidimensional Developmental Analysis.” Nature Communications 15(1):2783. doi: 10.1038/s41467-024-47055-4.

Li, Yuanyuan, Chuxiao Lai, Meng Wang, Jun Wu, Yongbin Li, Hanchuan Peng, and Lei Qu. 2024. “Automated Segmentation and Recognition of C. elegans Whole-Body Cells” edited by X. Gao. Bioinformatics 40(5). doi: 10.1093/bioinformatics/btae324.

Ma, Jiaonv, Wangyan Zhou, Wenhua Shao, and Yongbin Li*. 2024. “Efficient Knock-in by CRISPR/Cas9-Mediated Homology-Directed Repair in Caenorhabditis briggsae.” microPublication Biology 2024. doi: 10.17912/micropub.biology.001203.

Xie, Dongying, Pohao Ye, Yiming Ma, Yongbin Li, Xiao Liu, Peter Sarkies, and Zhongying Zhao. 2022. “Genetic Exchange with an Outcrossing Sister Species Causes Severe Genome-Wide Dysregulation in a Selfing Caenorhabditis 狈别尘补迟辞诲别.” Genome Research 32(11–12):2015–27. doi: 10.1101/gr.277205.122.

Li, Yongbin, Di Zhao, Takeo Horie, Geng Chen, Hongcun Bao, Siyu Chen, Weihong Liu, Ryoko Horie, Tao Liang, Biyu Dong, Qianqian Feng, Qinghua Tao, and Xiao Liu. 2017. “Conserved Gene Regulatory Module Specifies Lateral Neural Borders across Bilaterians.” Proceedings of the National Academy of Sciences 114(31). doi: 10.1073/pnas.1704194114.

Fr?kj?r-Jensen, Christian, Nimit Jain, Loren Hansen, M. Wayne Davis, Yongbin Li, Di Zhao, Karine Rebora, Jonathan R. M. Millet, Xiao Liu, Stuart K. Kim, Denis Dupuy, Erik M. Jorgensen, and Andrew Z. Fire. 2016. “An Abundant Class of Non-Coding DNA Can Prevent Stochastic Gene Silencing in the C. elegans 骋别谤尘濒颈苍别.” Cell 166(2):343–57. doi: 10.1016/j.cell.2016.05.072.